En la España Contemporánea alternan en la ciudad, (en concreto desde 1804 hasta 1846) dos centros diferentes: por una parte la tradicional Escuela Departamental de Pilotos de la Armada, y por otra la  Escuela de Náutica dentro de la Academia de Matemáticas y Comercio del Consulado de Cádiz, y que más tarde se convertiría en Escuela Industrial de Comercio y Náutica. A partir de 1846 al delimitarse más claramente las competencias de los marinos civiles y militares, desaparece la Escuela departamental de Cádiz, aunque la Armada seguirá con la atribución de los exámenes. Con una media de doscientos alumnos, la ubicación de esta escuela debió encontrarse en las proximidades de la calle San Francisco y la Plaza de San Agustín ya que las Guías de la ciudad la sitúan en la citada plaza, mientras que Adolfo de Castro menciona la calle de San Francisco.

La Escuela de Cádiz, como todas las Escuelas de Náutica pertenecientes al Consulado, sufrió diferentes fases y sucesivas transformaciones al convertirse estos organismos en Junta de Fomento y Comercio y la pérdida de cierto protagonismo.

Así en 1852 la Escuela de Cádiz se integra en un centro mayor, aunque ubicado en el mismo edificio consular: la Escuela de Industria y de Comercio. Este centro politécnico englobaba, junto con los estudios de Ciencias Náuticas, los de Química, Mecánica y Peritos Mercantiles. Previamente a esta fecha, en 1847, había tenido lugar la creación del Ministerio de Comercio, Instrucción y Obras Públicas, que reclamará para sí la dependencia orgánica de las Escuelas de Náutica, aunque no así la expedición de los títulos profesionales que seguirán dependientes del Ministerio de Marina